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广东省微生物研究所，前身是成立于1964年5月19日的中科院中南真菌研究室，于1972年更名至今，归属于广东省科学院。研究所拥有多项国家级和省级重点实验室，包括2013年5月经国家科委批准的华南应用微生物国家重点实验室，1987年开始建设的广东省菌种保藏与应用重点实验室，以及2005年建立的广东省微生物应用新技术公共实验室。此外，研究所还搭建了广东省食品安全检测与评价科技创新平台，以及在广东省材料检测与评价科技创新平台中完成建设的生态毒理和生物安全评价实验室。广州国家生物产业基地生物新技术及产品研究开发和测试公共实验中心，自2011年完成验收后投入使用。

研究所与广东省微生物学会、广东省食用菌行业协会、广东省生物技术生产力促进中心、广东省食用菌产品质量监督检验站等机构紧密合作。其重点科研领域涵盖微生物资源多样性与前期开发、微生物生态与环境污染控制、微生物危害及其检测与控制、微生物分子育种及生物转化、食药用菌生物技术与人类健康等方面。目前，研究所形成了资源微生物学、环境微生物学、分析微生物学和霉腐微生物学等四个优势学科，并具备培养博士研究生和硕士研究生的能力，于2010年被人力资源和社会保障部批准设立博士后科研工作站。

广东省微生物研究所的科技业务主要包括科技创新、行业共性关键技术及科技服务和成果转移与转化三个方向。科技创新依托省部共建华南应用微生物国家重点实验室、广东省菌种保藏与应用重点实验室和广东省微生物应用新技术公共实验室；行业共性关键技术及科技服务依托广东省微生物分析检测中心、广东省食用菌产品质量监督检验站和国家广州化学品生态环境安全评价服务中心；成果转移与转化则通过广州国家生物产业基地生物新技术及产品研究开发和测试公共实验中心以及相关研究发展中心实现。

广东省菌种保藏与应用重点实验室在2000年至2010年间连续四次被评为广东省优秀重点实验室，广东省微生物应用新技术公共实验室于2008年通过广东省科技厅验收。在此基础上，2009年组建的广东省华南应用微生物重点实验室获得了科技部的批准，并在2012年4月通过科技部组织的专家验收，2013年3月通过专家论证，最终晋升为省部共建华南应用微生物国家重点实验室。实验室总面积达4750平方米，拥有各类仪器设备236台套，价值3680万元，包括流式细胞仪、透射电子显微镜、激光共聚焦显微镜等高端设备，整体设备水平达到国际先进水平。

建所以来，广东省微生物研究所承担了多项重大重点科技项目，如国家973计划项目、国家“863”计划项目、国家重大科技攻关项目等，并主持或参与制定了七十余个国家、行业和地方标准。研究所共取得了142项科技创新成果，其中60项处于国际先进或领先水平，获得了108项国家及省部级成果奖，包括6项国家级成果奖和12项省部级一等奖。此外，研究所还申请了287件专利，其中发明专利272件，已授权162件，包括147件发明专利。在国内外核心学术期刊上发表了1800多篇论文，并出版了36部科技专著。